在《仙剑奇侠传三》中，魔尊重楼选择拿走魔剑而非镇妖剑有其深思熟虑的原因。

首先，魔剑是由春秋时期的姜国太子龙阳所铸，因姜国公主龙葵的室女之血而成，这是一柄有生命的剑，可以将仇恨、怨气、战意等转化成自己的灵力。

其次，魔剑拥有撼动六界的威力，对于重楼这样的对手来说，无论是魔剑还是镇妖剑，都是无可比拟的武器。

再者，魔尊重楼的对手是飞蓬，他应该更熟悉飞蓬的第一世龙阳太子铸造的魔剑，而对于镇妖剑的认知可能并不如对魔剑深入。

最后，虽然镇妖剑也是神剑，但对于凡人景天来说，他可能无法发挥出这两把剑的最大威力，因此对他来说，选择哪一把剑并无太大差别。因此，基于以上原因，魔尊重楼选择了魔剑。