根据合同约定，在水业公司拖欠IC卡水表货款的情况下，IC卡水表的厂家可以根据合同约定采取权利保护措施。如果合同中规定了停止售水软件使用的权利，厂家可以选择停止售水软件使用。但应该注意的是，任何措施都应该符合法律规定和合同约定，同时需要综合考虑与水业公司的合作关系和后续维护成本等因素。建议在此情况下，厂家应该与水业公司协商解决争议，尽量达成双方都能接受的方案。