首先，两者的来源部位不同。五花肉，也称为猪五花肉，主要来自猪腹部靠近背部的肉，其特点是脂肪层与肌肉层相互交替，因此肉质鲜嫩且口感丰富。而槽头肉，又称猪槽头肉，是猪头部附近的肉，其肉质相对较为粗糙，脂肪较少，口感偏韧。
其次，两者在烹饪梅菜扣肉时的表现也有所不同。由于五花肉的脂肪层丰富，烹饪时通常需要先将五花肉煎至金黄色，使其脂肪层释放出香味，然后再与梅菜等调料一同炖煮。这样，五花肉的鲜嫩肉质和丰富脂肪能够更好地吸收梅菜的香气，使菜肴口感更加鲜美。而槽头肉由于脂肪较少，烹饪时则需先将其炖煮至软烂，以使其更好地吸收梅菜的香气。然而，由于槽头肉的肉质较为粗糙，口感韧劲，其吸收梅菜香气的能力相对较弱，因此制作出来的梅菜扣肉口感可能相对较差。
综上所述，五花肉因其鲜嫩的肉质和丰富的脂肪层，在制作梅菜扣肉时通常更受欢迎，而槽头肉则因其肉质和口感的特性，制作出的梅菜扣肉可能口感稍逊。因此，在选择食材时，可根据个人口味和需求来决定使用哪种肉。