总公司不能使用分公司经营备案证。分公司是总公司在不同地区设立的营业机构，需要根据当地相关规定进行备案登记并获得独立的备案证。虽然总公司和分公司有关联，但是它们是独立的法人实体，不能互相使用备案证。任何企业在开展经营活动时必须遵守相关法律、法规和规范性文件，以确保合法合规经营。