是的，公司医保系统确实可以补缴。

具体操作如下：

1. 企业需要先在社会保险经办机构或者网上服务凭条中将参保人员信息导入到“社会保险信息系统企业管理自子系统”中。

2. 接着，企业可以通过系统录入社保补缴明细。

3. 之后，将《社会保险补缴明细表》、《基本医疗保险补缴情况表》导出并打印盖章，一式三份。

4. 最后，提交补缴申报。一旦申报通过，即可为员工补交医保。