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杭州南站主要包括站房和东、西广场三部分。其中东广场为主广场，设置有枢纽控制中心、公交枢纽站及旅游大巴停车场、长途车服务站、出租和社会车场、地铁换乘站等。西广场设置公交首末站、出租和社会车场等。地铁5号线、11号线（筹建中）分别以东西、南北走向穿越枢纽并在东广场形成换乘节点。