要清除百合花花蕊上的黄色，首先需要准备一块相对较细软的布条，并将布条浸湿。然后，对着发黄的部位轻轻擦拭即可。擦拭过程中要控制好力度，避免花瓣破损，影响观赏。

另外，也可以使用小风扇对着花瓣吹，能将上面黄色花粉给吹掉，使百合花变得更干净。如果不需要留种，建议开花之后将花蕊及时去掉，避免出现此种情况。

在清洗过程中，应选择柔软的棉布或海绵等工具进行清洗，避免使用刷子等硬质工具，以免刮伤花蕊表面。