菠萝蛋白酶是一种天然提取物，可用于消化蛋白质。常见的用法是在制作蛋白质酶解产物时使用，例如在分离纯化蛋白质或消化食物中的蛋白质。其用量可根据需要进行调整，一般建议在酶解反应中添加0.1-1.0%的菠萝蛋白酶。

使用时应将其溶解于适当的缓冲液中，并加入到反应体系中，随后进行温和的反应条件下进行酶解反应。

在使用菠萝蛋白酶时，应注意密闭保存，避免湿度、高温或紫外线照射，以保证其最佳的酶活性。