芥菜疙瘩和蔓茎疙瘩在植物形态、用途和味道等方面存在明显的区别。

1. 植物形态：芥菜疙瘩是芥菜的根部，形状较不规则，表面有明显的瘤状突起，而蔓茎疙瘩则是蔓茎的根部，表面光滑，呈长条形。

2. 用途：芥菜疙瘩主要用于腌制咸菜、制作芥末等调味品，而蔓茎疙瘩则主要用于制作酸菜。

3. 味道：芥菜疙瘩本身的味道比较辛辣，有一定的刺激口感，而蔓茎疙瘩的味道则比较温和，口感清脆。

总的来说，芥菜疙瘩和蔓茎疙瘩虽然都是蔬菜的根部，但在很多方面都有明显的区别。