分类方式有很多种，下面列举的是按照菌株特性或功效等方面的分类方式。

乳酸菌类：是最常见的益生菌，包括嗜热乳酸杆菌、嗜酸乳杆菌、双歧杆菌等。

双歧杆菌类：这是最常见的一类益生菌，包括多种肠道双歧杆菌、阴道双歧杆菌等。

酪酸链球菌类：也是一类常见的益生菌，例如食道链球菌和肠道链球菌等。

口腔益生菌：包括量产乳酸菌、普雷沃氏菌、放线菌、侵蚀性链球菌等菌株。

产酸杆菌类：包括肠道产酸杆菌、酸敏杆菌和阴道产酸杆菌等。

生物阳性菌类：包括枯草芽孢杆菌、球菌等。