区别主要在于专职和兼职。

专职副主委，在党派机关上班，是专职从事民主党派党务工作、组织协调民主党派机关各部门工作的负责人。

非专职副主委即兼职副主委，平时不在民主党派机关工作，有自己的专职工作，他们或者是大学教授，或者是科学家，或者是企业家，或者是国家机关工作公务员等，在各自的工作岗位上发挥民主党派的作用。只是在民主党派召开重要会议，讨论、决定重大事项，举行重大活动时，参加党务活动。