S116无人机的飞行模式主要分为手动飞行和GPS定位飞行两种，手动飞行需要手持遥控器进行控制，而GPS定位飞行则仅需一键起飞和一键返航即可。

在手动飞行模式下，操作者需要熟练掌握遥控器的各项功能，如油门、方向舵、升降舵等，同时还需要观察无人机的姿态和高度，防止意外跌落或碰撞。

在GPS定位飞行模式下，无人机会自动飞向预设的目标点或自动返回出发点，操作者需要及时观察无人机的飞行状态，防止发生意外情况。