如果社保卡缴费已经扣款，但是没有入账户，可以采取以下几个步骤来处理：

1.联系社保机构：首先，可以联系社保机构，咨询是否已经收到缴费，如果没有收到，可以要求重新处理缴费信息。

2.核实缴费记录：在联系社保机构之前，可以先核实自己的缴费记录，看是否有遗漏或者错误的地方。

3.向银行查询：如果缴费已经扣款，但是没有入账户，可以向银行查询，了解款项是否已经到账或者是否存在扣款失败等情况。

4.登记投诉：如果以上方法无法解决问题，可以向当地社保监管机构登记投诉，寻求帮助和解决方案。

需要注意的是，为了避免类似问题的发生，建议及时核实缴费记录和银行账户余额，避免出现扣款失败或者余额不足的情况。另外，在缴费过程中，应该保留好缴费凭证和相关记录，以便需要时进行查询和证明。