南京泥蒿和普通泥蒿的区别如下：

品种不同。南京泥蒿是菊科蒿属的多年生草本植物；普通泥蒿又名藜蒿、水艾、水蒿等。

分布区域不同。南京泥蒿主要分布于江河湖泽附近的湿地环境中，在湖南岳阳的洞庭湖地区尤为常见；普通泥蒿在全国范围内是一种广泛分布的野菜。