微店支付通道显示违规有可能是以下原因导致的：

1. 平台审核：微店支付通道被平台审核认定为违规操作，可能是因为涉及到违法违规内容或行为，如销售违禁品、侵犯知识产权等。

2. 投诉举报：其他用户或相关机构对微店支付通道进行了投诉举报，并且平台验证了投诉的有效性。

3. 自身违规操作：微店支付通道的经营者或管理员在使用过程中存在违反平台规定的行为，如虚假宣传、恶意销售等。

无论是哪种情况，一旦支付通道显示违规，可能会导致支付功能受限或封禁，建议及时与平台客服联系，了解具体原因并进行整改。