如果菜鸟驿站承包区的余额不足以支付当天入库的费用，可以考虑通过以下方式来解决：

1.延迟入库时间，等到后面有足够的金额再入库；

2.与供应商或物流公司协商，调整入库数量或分批入库，以降低当日的费用；

3.争取获得公司或上级的支持，增加预算或调配资金。必要时也可以考虑寻求其他渠道，如贷款或提前收款等，以保证当天入库的顺利进行。